In tempi lontanissimi, nel luogo ove sorge l'odierno Santuario della Madonna dei Miracoli, c'era una piccola chiesa dedicata a San Pietro in Lamentese, le cui antiche origini si perdono nella storia. Si dice che fosse stata eretta per ricordare un eccidio compiuto dagli Unni, i feroci barbari guidati da Attila (457). La presenza della chiesetta è comunque documentata intorno al X secolo. Infatti il Papa Giovanni X (915-928) e poi Giovanni XIX (1024-1033) concedevano la sua giurisdizione ai monaci benedettini di Santa Maria in Organo di Verona i quali costruirono un piccolo monastero. (Bolla papale di Alessandro III - 11/07/1177). Nei secoli successivi fu però ceduta in commenda e cadde in un rovinoso abbandono, durato fino alla fine del millequattrocento, quando un evento straordinario la fece risorgere.
Era il primo maggio 1486, un'immagine della Vergine dipinta sulla parete sud della chiesa, dopo essere stata sfregiata e oltraggiata, si mosse, dal petto sgorgarono gocce di sangue, segnando l'inizio di un'attività taumaturgica che risvegliò il cuore dei fedeli (vedi Approfondimento tematico). Vi giunsero allora gli Olivetani, i benedettini bianchi riformatori dell'abbazia di S. Maria in Organo; essi ottennero di officiarla e di costruirvi il monastero. In poco più di trent'anni la trasformarono nel magnifico complesso che oggi vediamo, costruendo di fatto tre chiese: una votiva, con l'immagine taumaturgica, una perpendicolare che funge quasi da vestibolo e una terza ampia e decorata per le grandi celebrazioni, rese necessarie dal grande afflusso di fedeli che seguirono il verificarsi dei primi eventi miracolosi.
